La chiesa fu edificata nel XVI -XVII secolo vicino alle sorgenti di Presciano ed ampliata nel 1610. Era chiamata originariamente S. Maria della Misericordia e aveva annesso un piccolo ricovero per i pellegrini nominato "Ospedale di Santa Maria della Misericordia di Presciano extra". Sull'altare vi era un quadro del 1777 raffigurante la Vergine, S. Rocco e S. Giovanni. Ai lati dello stesso altare erano poste due targhe: una con le iniziali N.S.M.V. "Nativitas Sanctae Mariae Verginis"; l'altra con lo stemma di Capestrano (una rocca sopra un monte dal quale sgorgano tre fiumi). Attualmente sconsacrata, è una sede del Centro di Biologia delle Acque dell' Istituto Zooprofilattico Sperimentale dell'Abruzzo e del Molise "G. Caporale"
